呼吸内科是医院重点内科之一，设有呼吸科门诊、肺功能室、电子支气管内镜室及住院部，科室长呼吸危重症及肿瘤相关性肺疾病、呼吸衰竭、重症肺炎、肺栓塞、慢阻肺、肺心病、气胸、哮喘、胸腔积液及呼吸道常见疾病的相关治疗，可开展肺功能检查、呼出气一氧化氨FENO检测，电子支气管镜检查。是江西省肺栓塞和深静脉血栓防治联盟单位，南昌大学第一附属医院肺癌诊疗一体化分中心。